Mikiko Arai begann ihre klassische Tanzausbildung in ihrem Heimatland Japan. 1989 wurde sie bei der Japan National Ballet Competition mit dem 3. Preis ausgezeichnet. Sie setzte ihre Ausbildung in Großbritannien fort, wo sie unter der Leitung von Margaret Barbieri ein Stipendium für den Graduierungskurs am London Studio Centre erhielt. 1993 wurde sie Compagniemitglied der Deutschen Oper am Rhein Düsseldorf unter der künstlerischen Leitung von Heinz Spoerli, bevor sie als Solistin ans Theater Dortmund wechselte. In dieser Zeit beschäftigte sie sich mit verschiedenen Techniken des zeitgenössischen Tanzes. 1998 ging sie zu Introdans in die Niederlande, wo sie sich ein breites Repertoire des zeitgenössischen Balletts erarbeitete. 2001 kehrte sie nach Deutschland ans Gärtnerplatztheater München zurück. Während ihrer Karriere tanzte sie zahlreiche Soli und Titelrollen sowohl aus dem klassischen als auch dem modernen Repertoire mit Balletten u. a. von Marius Petipa, Sir Frederick Ashton, George Balanchine, Jiří Kylián, Nacho Duato, Hans van Manen, Carolyn Carlson, Jean-Christophe Maillot, Nils Christe, Ed Wubbe, Jorma Uotinen, Marco Goecke, Christopher Wheeldon und Cayetano Soto.

Nach Beendigung ihrer aktiven Tanzkarriere konzentriert sich Arai auf die Assistenz von Choreografien als Einstudiererin und Ballettmeisterin. Sie arbeitet vor allem mit Cayetano Soto zusammen, sowohl bei der Neuinszenierung seiner Ballette als auch als choreografische Assistentin, mit Compagnien wie dem Nederlands Dans Theater 2, Tschaikowski Perm State Ballet, Scottish Ballet, Baléda Cidade de Saõ Paulo, Ballet British Colombia, Les Ballet Jazz de Montréal, Ballett Zürich junior, Luzerner Tanz Theater, der Compañía Nacional de Danza, dem Tschechischen Nationalballett, Théâtre du Capitole de Toulouse, Gauthier Dance, dem Leipziger Ballett, dem Ballett des Staatstheaters Nürnberg, Hessischen Staatsballett sowie dem Ballett des Theaters Augsburg. Als Gastlehrerin und Coach wurde Arai zu Codarts Rotterdam, der ArtEZ Academie voor Art, Arnhem, dem Endanza Curso Intensivo de Danza, Valencia, der International Summer Dance School (Hong Kong) sowie der National Ballet School (Japan) eingeladen. Ihre pädagogische Arbeit umfasst kommunale Tanzprojekte für die Roland Berger Stiftung und das Bayerische Staatsministerium für Unterricht und Kultus. Seit 2011 ist sie zertifizierte Gyrotonic® Gyrokinesis® Trainerin. Derzeit studiert sie Tanzwissenschaft an der Universität Bern.